Metode ekstrakcije komparirane za molekularnu detekciju patogena

Tri metodologije ektrakcije DNA, koje se razlikuju po mehanizmu, evaluirane su u pogledu njihove mogućnosti ektrakcije I pročišćavanja nukleinskih kliselina iz uzoraka krvi.

Metoda sa kolumne sa silicjem, fenol-kloroform, i automatizirano magnetsko hvatanje DNA kompleksa sa polimerom, pomoću Automate Exppress instrumenta, uspoređene su tako što je nakon postupka ekstrakcije izveden PCR za detkciju Staphylococcus aureus.

Znanstvenici na Applied Molecular Testing, (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) analizirali su 60 krvnih uzoraka koje su innficirali bakterijskim patogenima. U odvojenim eksperimentima, tri replikata od svakog uzorka su otopljena I procesirana korištenjem DNeasy blood and tissue kita (Qiagen, Hilden, Germany), fenol-kloroform metode ili ABI Automate Express forensic DNA ekstrakcionog sistema.

Ekstrakti iz kolone sa silicijem zahtjevalli su 100 do 1000 puta razrjeđenje da se smanje dovoljno jaki PCR inhibitorni efekti antikoagulansa Na-polyanetholsulfonata, čestog aditiva u uzorcima krvi. Nasuprot tome, uzorci izolirani fenol-kloroform ili Automate Express instrumentom su morali malo ili nimalo biti razrjeđivani, omogućujući približno 100 puta poboljšanje osjetljivosti testa.

Analiza 60 boca krvi kulture pokazuju da se fenol-kloroform (Invitrogen, Carlsbad, CA) i ABI ekstrakcija (Foster City, CA, USA) metodologije mogu koristiti za otkrivanje nižeg broj patogena i da rast S. aureus može biti otkrivena dva sata ranije nego kod korištenjem kolone sa silicijem. Od tri testirane metodologije, Automate Express je dala najkraći put do rezultata, zahtijeva samo oko 80 minuta rada za 12 uzoraka.

Autori su zaključili da su njihovi rezultati važni za odabir metodologije izolacije DNA, s obzirom da neki PCR inhibitori djeluju na sličan način u određenim uvjetima. Studija je objavljena u martu 2012, u časopisu Journal of Molecular Diagnostics.

Be the first to comment

Leave a Reply

Your email address will not be published.


*