Normalizacija mjerenja genske ekspresije u tumorskim tkivima

ElectrophoresisZa interpretaciju kvantitativnog mjerenja genske ekspresije u uzorcima tumorskog tkiva potreban je normalizator da bi se korigovali rezultati ekspresije zbog razlike u broju ulaznih stanica, kvalitete RNA i efikasnosti RT između uzoraka. U mnogim studijama koristi se jedan housekeeping gen (gen koji regulira neku od osnovnih staničnih funkcija i aktivan je u svim stanicama organizma) za normalizaciju. Međutim, nije pronađen nijedan neupitan jedinstveni referentni gen (sa dokazanom ne varijabilnom ekspresijom između stanica). Kao najbolja alternativa koristi se srednja vrijednost ekspresije više housekeeping gena.

Pojedine studije pokušale su identificirati najbolji mogući housekeeping gen koji bi precizno zamjenio mjerenje više gena. U studiji koju je vodio Jaques de Kok, sa odjela Kliničke hemije, University Medical Center Nijmegen, Nizozemska, ekspresioni obrazac 13 često korištenih housekeeping gena određen je u 80 normalnih i tumorskih uzoraka tkiva iz kolorektalnog, raka dojke, prostate, kože i mokraćnog mjehura, uz pomoć Real-time kvantitativne Reverse-transcriptase PCR metode. Određivani su geni za veliki ribozomalni protein, beta laktin, ciklofilin A, gliceraldehid-3-fosfat dehidrogenazu, fosfoglicerokinazu 1, beta 2 mikroglobulin, beta glukuronidazu, hipoksantin riboziltransferazu (HPRT), TATA-box-binding protein, transferinski receptor, porfobilinogen deaminaza, ATP sintaza 6 i 18S ribozomalna RNA.

Principal component analysis statistička metoda je korištena da se analiziraju ekspresioni obrasci, neovisno o stepenu ekspresije. Rezultati studije su pokazali da je HPRT najbolji referentni gen koji bi se mogao koristiti kao precizna i ekonomična alternativa za mjerenje više housekeeping gena. “Preporučujemo ovaj gen za standardizaciju genske ekspresije u studijama istraživanja i dijagnostike kancera, dok se definitivni zlatni standard ne uspostavi.”, navodi studija.

Izvor: Laboratory Investigation

Be the first to comment

Leave a Reply

Your email address will not be published.


*