DNA metilaciona analiza rano otkriva kolorektalni karcinom

Detekcija metilacije promotera na staničnim neoplazijama je kvantitativno analizirana  visokorezolucijskim testom taljenja (HRM) u formalin fiksiranim parafin utisnutim (FFPE) tkivima.

HRM je baziran na karakteristikama taljenja DNA u otopini. Princip ove metode je bisulfid tretirana DNA matrica sa različitim sadržajem metil citozina koja se može razlikovati analizom taljenja na različitim temperaturama. Analiza DNA metilacije je obećavajuće sredstvo za ranu detekciju karcinoma, rizika i odgovora na terapiju.

Nedavna studija je evaluirala HRM testove za otkrivanje promoter metilacije na arhivskim FFPE tkivima od individua sa kolorektalnim karcinomom. Ovaj osjetljivi test se može prihvatiti i koristiti za otkrivanje male količine metiliranih stanica unutar karcinoma ili čak otkrivanje malog broja stanica karcinoma u pozadini nekarcinomskih stanica u limfnim čvorovima i drugim organima. Neoplazija se karakteriše “nebalansom metilacije” gdje je genom raširena hipometilacija udružena sa lokaliziranom hipermetilacijom i porastom u ekspresiji DNA metiltransferaze.

Aplikabilnost HRM za otkrivanje promoter metilacije je demonstrirana upotrebom testova za O6-metilguanin DNA metiltransferazu (MGMT), adenomatus poliposis coli (APC), glutation-S-transferazu P1 (GSTP1), te fosfataza i tenzijski homolog obrisan sa hromosom 10 (PTEN) promotora u metiliranom DNA dilucijskom matriksu. U drugom koraku, HRM testovi za MGMT i APC se testirani na DNA izolaciji iz svježih i FFPE humanih stanica karcinoma. Ovako utemeljeni MGMT i APC HRM testovi se analiziraju upotrebom arhivskih FFPE uzoraka kolorektalnog karcinoma. HRM testovi se izvode sa
Roche LightCycler Instrument (Roche Diagnostics; Basel, Switzerland). Nivoi metilirane DNA sa manje od 1% se reproducibilno detektuju u pozadini nemetilirane DNA. Za određene aplikacije, kao što su rijetke pojave ili slojevitosti rizika individua baziranih na metilacijskom statusu specifičnih markera, visoka osjetljivosti testa je veoma značajna. Rezultati studije su objavljeni 2009 u Roche Applied Science Cancer Research Application Note, No. 3.

HRM je relativno jednostavna i jeftina metoda, jer ne zahtjeva skupe probe i testove referentnih gena za normalizaciju. Sa HRM, analiziraju se svi CpGs unutar amplikona, omogućavajući testu da razlikuje heterogenu od homogene metilacije pomoću oblika krive taljenja (melting curve). Ova sposobnost može biti od velikog značaja, jer metilacija uzoraka na promotoru CpG ostrvima nije tipično homogena.

Be the first to comment

Leave a Reply

Your email address will not be published.


*